El iPod ,a diferencia de otros reproductores como Creative Zen, de entrada no presentan problema de comunicación (y si los presentase se usa el parche de Crative que puse para que instale de nuevo el protocolo MTP).

Para poder administrar el iPod podemos usar el programa atunes que debemos de bajar de:

http://www.atunes.org/?page_id=6

Una vez instalado debemos de ir a Dispositivo/Conectar. Entonces podremos administrar de forma similar a iTunes y cuando queramos desconectarlo debemos de ir a Dispositivo/Desconectar. También podemos actualizar el contenido desde Dispositivo/Actualizar. (Los iPod, creative zen,etc al igual que las unidades USB,discos,etc por defecto se montan en /media/<nombre o unidad>para cuando pida el directorio del iPod cuando vayamos a Dispositivo/Conectar)

Por otro lado, puede suceder que este programa en algún que otro caso pueda ser algo inestable. Entonces puedes usar el programa Amarok de mi otro post en el cual la administración se hace igual que con el Creative Zen.

Saludos!